L’impianto originario dell’edifico risale alla seconda metà del XV secolo e la chiesa fu intitolata a San Bernardino da Siena (1380-1444 canonizzato nel 1450) al quale la città di Bergamo fu profondamente devota.
Ebbe sede in questa Chiesa la “Schola dei disciplini”, una confraternita che praticava a scopo penitenziale la flagellazione collettiva.
Nella facciata, completamente ricostruita nel 1876, si nota il trigramma bernardiniano: il disco solare circondato da dodici raggi luminosi (a significare che il sole irradia luce e calore attraverso l’opera dei dodici Apostoli e quindi della Chiesa) contiene al suo interno il trigramma formato dalle lettere IHS (Jesus Hominum Salvator) sovrastate da una croce.
Ogni elemento del simbolo ha un preciso significato: il sole allude al Cristo che dà la vita e irradia la carità. I dodici raggi serpeggiando sono i dodici apostoli. Il significato mistico dei raggi serpeggianti era espresso in una litania: rifugio dei penitenti; vessillo dei combattenti; rimedio degli infermi; conforto dei sofferenti; onore dei credenti; gioia dei predicanti; merito degli operanti; aiuto dei deficienti; sospiro dei meditanti; suffragio degli oranti; gusto di contemplanti; gloria dei trionfanti.
L'interno della chiesa è a una unica navata con tre cappelle per lato, è divisa da arcate a sesto acuto, con il soffitto a capanna. Il restauro del 1876 non ne ha variato l'impianto architettonico.
La prima cappella a destra presenta un affresco di autore anonimo, probabilmente Jacopino Scipioni, raffigurante la Vergine in trono con il Bambino, a fianco i santi Onofrio e Antonio da Padova, datato 1523 e con un marchio mercantile con le lettere Z A e una piccola C che ci documenta la committenza di Zanino di Antonello Casotti, che abitava nella casa al civico numero 72 della stessa via.
Nella cappella successiva vi era una tela di Jacopino Scipioni, trafugata purtropp nel 1986. Raffigurava santa Apollonia con i santi Lorenzo e Defendente. La tela risulta fosse stata commissionata all'artista nel 1509 da Pietromartire Rota, disciplino della chiesa. Trafugata anche la tela del XVI secolo, posta sull'altare oltre il grande arco trionfale raffigurante la Madonna con i santi Pietro e Paolo.
L'arcata successiva presenta due affreschi di artista anonimo: un San Sebastiano arcaico nella raffigurazione, e san Bernardino di miglior fattura con a fianco un disciplino. San Bernardino viene rappresentato in misura molto inferiore e raffigurato nella veste chiamata capa, indumento che veniva indossato dopo due mesi di noviziato e che veniva indossato nelle processioni e nelle flagellazioni penitenziali.
Nella seconda cappella a sinistra, originariamente dedicata ai santi Sebastiano Rocco e Cristoforo, vi è la tela della Pietà di Gian Paolo Cavagna, tela dalla struggente carica emotiva. Dello stesso artista sono le due tele San Nicola di Bari con san Bernardino e l'Annunciazione sulla controfacciata.
La terza cappella a sinistra, progettata da Pietro Isabello è la più grande della chiesa, restaurata nel 1821, era originariamente dedicata al Salvatore, fu donata alla confraternita l'11 settembre 1511 da Lorenzo Pelorsi, maniscalco.
La cappella presentava le insegne della famiglia per indicarne lo status sociale raggiunto. Una cancellata conduce dentro la cappella completamente affrescata, la cupola rivestiva da formelle in cotto è uno dei tipici elementi dell'architetto.
Sul presbiterio, illuminato dalla finestra ricavata nella ristrutturazione del 1826, vi è la pala d'altare di Lorenzo Lotto della Madonna in trono con il Bambino i Santi Giuseppe, Bernardino, Giovani Battista, Antonio abate e angeli.
Questa è una tra le migliori opere dell'artista veneziano in terra orobica.
La tela è firmata e datata LLOTUS MDXXI e conservata in una cornice del XX secolo; documentata una precedente cornice lignea intagliata e dorata.
La pala sull'altare maggiore datata 1521 e firmata sul gradino inferiore del trono rappresenta uno dei momenti più felici del Lotto in un perfetto equilibrio di luce, colore e composizione.
Invenzione lottesca sono i quattro angeli in volo che precariamente sospesi sorreggono un baldacchino verde al di sotto del quale, avvolta da una morbida luce, siede la Madonna su un alto trono.
La Vergine rivolge lo sguardo a San Bernardino titolare della Chiesa accompagnato in una sacra conversazione dai Santi Giuseppe, Giovanni Battista e Antonio abate.
San Giuseppe (a destra della Vergine accanto a San Bernardino) anziano e scalzo, con la veste sgualcita si sorregge ad un bastone.
San Bernardino da Siena (a destra della Vergine) al quale la Chiesa è intitolata, giunse a Bergamo nel 1411 e probabilmente intorno al 1450, anno della sua canonizzazione, fu istituita la “Schola dei Disciplini" che fin dalle origini ebbe sede in questa Chiesa e che commissionò la pala.
E' ritratto con la veste francescana e con il monogramma di Cristo che ritroviamo anche sulla facciata della chiesa.
San Giovanni Battista (alla sinistra della Vergine) patrono della vicinia nella sua veste di precursore indica il Bambino.
Sant'Antonio Abate (alla sinistra della Vergine accanto a San Giovanni Battista) con i suoi attributi caratteristici, il bastone del pellegrino e la campanella, volge il suo sguardo miope alla Madonna.
Alle sue spalle un incendio allude alle tentazioni di Sant'Antonio.